{"database": "metadata", "table": "contig_metadata", "is_view": false, "human_description_en": "where bioproject = \"PRJNA605033\" and tax_phylum = \"Bdellovibrionota\"", "rows": [[1858157, "PRJNA605033_P_NODE_217922_length_159_cov_1.854839_g216353_i0", "PRJNA605033", "217922", "159", "1.854839", "2.94919401", "Silvanigrella aquatica", "1915309", "Bacteria", "Bacteria", "113", "5.95e-21", "", "NTclustered", "gi|1114626566|gb|CP017834.1|", "1915309", "g216353", "i0", "93.421", "52.0188679245283", "76", "5", "48", "0", "71", "146", "175153", "175078", "Silvanigrella aquatica strain MWH-Nonnen-W8red chromosome", "blastn", "8271", "113", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Oligoflexia", "Silvanigrellales", "Silvanigrellaceae", "Silvanigrella", "Silvanigrella aquatica"], [19707758, "PRJNA605033_P_NODE_101396_length_222_cov_1.930481_g99827_i0", "PRJNA605033", "101396", "222", "1.930481", "4.28566782", "Pseudobdellovibrio exovorus", "453816", "Bacteria", "Bacteria", "86.1", "1.94e-12", "", "NTclustered", "gi|469929247|gb|CP003537.1|", "1184267", "g99827", "i0", "89.552", "4.79279279279279", "67", "7", "30", "0", "9", "75", "451090", "451156", "Bdellovibrio exovorus JSS, complete genome", "blastn", "1064", "86.1", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Pseudobdellovibrio", "Pseudobdellovibrio exovorus"], [23534138, "PRJNA605033_P_NODE_152799_length_192_cov_1.356688_g151230_i0", "PRJNA605033", "152799", "192", "1.356688", "2.60484096", "Pseudobdellovibrio sp. HCB154", "3386277", "Bacteria", "Bacteria", "195", "2.6e-45", "", "NTclustered", "gi|2872995934|gb|CP176530.1|", "3386277", "g151230", "i0", "86.264", "108.71875", "182", "22", "94", "3", "13", "192", "699332", "699152", "Pseudobdellovibrio sp. HCB154 chromosome, complete genome", "blastn", "20874", "195", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Pseudobdellovibrio", "Pseudobdellovibrio sp. HCB154"], [24808412, "PRJNA605033_P_NODE_202580_length_165_cov_1.169231_g201011_i0", "PRJNA605033", "202580", "165", "1.169231", "1.92923115", "Pseudobdellovibrio sp. HCB154", "3386277", "Bacteria", "Bacteria", "298", "1.61e-76", "", "NTclustered", "gi|2872995934|gb|CP176530.1|", "3386277", "g201011", "i0", "99.39", "86.5090909090909", "164", "1", "99", "0", "2", "165", "700579", "700416", "Pseudobdellovibrio sp. HCB154 chromosome, complete genome", "blastn", "14274", "298", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Pseudobdellovibrio", "Pseudobdellovibrio sp. HCB154"], [25371032, "PRJNA605033_P_NODE_131380_length_215_cov_1.727778_g129811_i0", "PRJNA605033", "131380", "215", "1.727778", "3.7147227", "Pseudobdellovibrionaceae", "213483", "Bacteria", "Bacteria", "311", "2.83e-80", "", "NTclustered", "gi|507148233|ref|NR_103040.1|", "453816", "g129811", "i0", "93.78", "154.776744186046", "209", "9", "96", "4", "9", "215", "776", "982", "Bdellovibrio exovorus strain JSS 23S ribosomal RNA gene, complete sequence", "blastn", "33277", "311", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Pseudobdellovibrio", "Pseudobdellovibrio exovorus"], [26618414, "PRJNA605033_P_NODE_70741_length_222_cov_3.058824_g69172_i0", "PRJNA605033", "70741", "222", "3.058824", "6.79058928", "Pseudomonadati", "3379134", "Bacteria", "Bacteria", "57.4", "1.93e-7", "", "NR", "PZP56364.1", "349221", "g69172", "i0", "100", "209.459459459459", "25", "0", "33.8", "0", "2", "76", "141", "165", "PZP56364.1 MAG: multidrug ABC transporter ATP-binding protein [Micavibrio aeruginosavorus]", "diamond", "46500", "57.4", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Micavibrio", "Micavibrio aeruginosavorus"], [27206259, "PRJNA605033_P_NODE_78662_length_222_cov_2.566845_g77093_i0", "PRJNA605033", "78662", "222", "2.566845", "5.6983959", "Micavibrio aeruginosavorus", "349221", "Bacteria", "Bacteria", "42.7", "0.0276", "", "NR", "WP_235068021.1", "349221", "g77093", "i0", "56", "0.337837837837838", "25", "11", "33.8", "0", "148", "222", "258", "282", "WP_235068021.1 hypothetical protein [Micavibrio aeruginosavorus]", "diamond", "75", "42.7", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Micavibrio", "Micavibrio aeruginosavorus"], [27301379, "PRJNA605033_P_NODE_177403_length_176_cov_2.354610_g175834_i0", "PRJNA605033", "177403", "176", "2.35461", "4.1441136", "Bdellovibrio bacteriovorus", "959", "Bacteria", "Bacteria", "64.7", "1.82e-10", "", "NR", "WP_262555052.1", "959", "g175834", "i0", "62.7", "1.73863636363636", "51", "19", "86.9", "0", "7", "159", "184", "234", "WP_262555052.1 diaminopimelate epimerase [Bdellovibrio bacteriovorus]", "diamond", "306", "64.7", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Bdellovibrio", "Bdellovibrio bacteriovorus"], [27490962, "PRJNA605033_P_NODE_30943_length_275_cov_1.308333_g29377_i0", "PRJNA605033", "30943", "275", "1.308333", "3.59791575", "Bdellovibrio bacteriovorus", "959", "Bacteria", "Bacteria", "65.5", "2.46e-10", "", "NR", "WP_061835315.1", "959", "g29377", "i0", "36.7", "0.981818181818182", "90", "48", "96", "2", "9", "272", "67", "149", "WP_061835315.1 cellulase family glycosylhydrolase [Bdellovibrio bacteriovorus]", "diamond", "270", "65.5", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Bdellovibrio", "Bdellovibrio bacteriovorus"], [27932908, "PRJNA605033_P_NODE_80505_length_222_cov_2.491979_g78936_i0", "PRJNA605033", "80505", "222", "2.491979", "5.53219338", "Bdellovibrionota bacterium", "3034175", "Bacteria", "Bacteria", "56.6", "1.41e-8", "", "NR", "MES2963011.1", "3034175", "g78936", "i0", "95.8", "0.648648648648649", "24", "1", "32.4", "0", "74", "3", "19", "42", "MES2963011.1 50S ribosomal protein L31 [Bdellovibrionota bacterium]", "diamond", "144", "56.6", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", null, null, null, null, "Bdellovibrionota bacterium"], [27946119, "PRJNA605033_P_NODE_75805_length_222_cov_2.705882_g74236_i0", "PRJNA605033", "75805", "222", "2.705882", "6.00705804", "Pseudomonadati", "3379134", "Bacteria", "Bacteria", "49.3", "1.37e-4", "", "NR", "HLW56416.1", "2081706", "g74236", "i0", "80", "1.01351351351351", "25", "5", "33.8", "0", "148", "222", "290", "314", "HLW56416.1 hypothetical protein [Bacteriovoracaceae bacterium]", "diamond", "225", "49.3", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", null, "Bacteriovoracaceae bacterium"], [28261644, "PRJNA605033_P_NODE_96466_length_222_cov_2.032086_g94897_i0", "PRJNA605033", "96466", "222", "2.032086", "4.51123092", "Cyanobacteriota/Melainabacteria group", "1798711", "Bacteria", "Bacteria", "56.2", "4.91e-7", "", "NR", "WP_021276598.1", "1353530", "g94897", "i0", "95.8", "5.67567567567568", "24", "1", "32.4", "0", "150", "221", "18", "41", "WP_021276598.1 phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurL, partial [Bacteriovorax sp. DB6_IX]", "diamond", "1260", "56.6", "0.992932862190813", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp. DB6_IX"], [28501314, "PRJNA605033_P_NODE_242127_length_151_cov_4.094828_g240558_i0", "PRJNA605033", "242127", "151", "4.094828", "6.18319028", "Micavibrio sp.", "2024841", "Bacteria", "Bacteria", "77.4", "2.17e-16", "", "NR", "HEY8189849.1", "2024841", "g240558", "i0", "64.2", "1.33112582781457", "67", "7", "99.3", "1", "2", "151", "48", "114", "HEY8189849.1 transcriptional repressor LexA [Micavibrio sp.]", "diamond", "201", "77.4", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Micavibrio", "Micavibrio sp."], [28753758, "PRJNA605033_P_NODE_110027_length_222_cov_1.791444_g108458_i0", "PRJNA605033", "110027", "222", "1.791444", "3.97700568", "Bdellovibrionota bacterium", "3034175", "Bacteria", "Bacteria", "83.6", "1.1e-16", "", "NR", "MES2526004.1", "3034175", "g108458", "i0", "63.5", "3", "74", "26", "98.6", "1", "2", "220", "311", "384", "MES2526004.1 SpoVR family protein [Bdellovibrionota bacterium]", "diamond", "666", "83.6", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", null, null, null, null, "Bdellovibrionota bacterium"], [29953702, "PRJNA605033_P_NODE_117151_length_222_cov_1.657754_g115582_i0", "PRJNA605033", "117151", "222", "1.657754", "3.68021388", "Pseudobdellovibrio sp.", "2862747", "Bacteria", "Bacteria", "53.1", "5.81e-6", "", "NR", "MFN3455266.1", "2862747", "g115582", "i0", "100", "0.324324324324324", "24", "0", "32.4", "0", "220", "149", "126", "149", "MFN3455266.1 DUF2817 domain-containing protein [Pseudobdellovibrio sp.]", "diamond", "72", "53.1", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Pseudobdellovibrio", "Pseudobdellovibrio sp."], [30522375, "PRJNA605033_P_NODE_76833_length_222_cov_2.652406_g75264_i0", "PRJNA605033", "76833", "222", "2.652406", "5.88834132", "Oligoflexus sp.", "1971216", "Bacteria", "Bacteria", "76.3", "1.91e-15", "", "NR", "MBC7661452.1", "1971216", "g75264", "i0", "47.6", "2.27027027027027", "84", "32", "97.3", "1", "3", "218", "7", "90", "MBC7661452.1 hypothetical protein [Oligoflexus sp.]", "diamond", "504", "76.3", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Oligoflexia", "Oligoflexales", "Oligoflexaceae", "Oligoflexus", "Oligoflexus sp."], [31375793, "PRJNA605033_P_NODE_99436_length_222_cov_1.967914_g97867_i0", "PRJNA605033", "99436", "222", "1.967914", "4.36876908", "Bdellovibrionales bacterium RIFOXYD1_FULL_53_11", "1797403", "Bacteria", "Bacteria", "48.9", "1.9e-4", "", "NR", "OFZ81805.1", "1797403", "g97867", "i0", "80", "0.986486486486487", "25", "5", "33.8", "0", "148", "222", "44", "68", "OFZ81805.1 MAG: hypothetical protein A2583_11060 [Bdellovibrionales bacterium RIFOXYD1_FULL_53_11]", "diamond", "219", "48.9", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", null, null, "Bdellovibrionales bacterium RIFOXYD1_FULL_53_11"], [31420447, "PRJNA605033_P_NODE_101756_length_222_cov_1.925134_g100187_i0", "PRJNA605033", "101756", "222", "1.925134", "4.27379748", "Pseudomonadati", "3379134", "Bacteria", "Bacteria", "48.1", "3.37e-4", "", "NR", "QQG36408.1", "349221", "g100187", "i0", "83.3", "1.60810810810811", "24", "4", "32.4", "0", "220", "149", "310", "333", "QQG36408.1 MAG: hypothetical protein HYS17_01035 [Micavibrio aeruginosavorus]", "diamond", "357", "48.1", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Micavibrio", "Micavibrio aeruginosavorus"], [31786669, "PRJNA605033_P_NODE_77017_length_222_cov_2.641711_g75448_i0", "PRJNA605033", "77017", "222", "2.641711", "5.86459842", "Bdellovibrionota bacterium", "3034175", "Bacteria", "Bacteria", "52", "1.09e-5", "", "NR", "HEY8278017.1", "3034175", "g75448", "i0", "87.5", "0.324324324324324", "24", "3", "32.4", "0", "4", "75", "129", "152", "HEY8278017.1 protocatechuate 3,4-dioxygenase [Bdellovibrionota bacterium]", "diamond", "72", "52", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", null, null, null, null, "Bdellovibrionota bacterium"], [32166662, "PRJNA605033_P_NODE_101678_length_222_cov_1.925134_g100109_i0", "PRJNA605033", "101678", "222", "1.925134", "4.27379748", "Bdellovibrionales bacterium", "2053517", "Bacteria", "Bacteria", "42.7", "0.026", "", "NR", "MDY0008922.1", "2053517", "g100109", "i0", "79.2", "0.324324324324324", "24", "5", "32.4", "0", "73", "2", "38", "61", "MDY0008922.1 RNA methyltransferase [Bdellovibrionales bacterium]", "diamond", "72", "42.7", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", null, null, "Bdellovibrionales bacterium"], [32166717, "PRJNA605033_P_NODE_74738_length_222_cov_2.764706_g73169_i0", "PRJNA605033", "74738", "222", "2.764706", "6.13764732", "Oligoflexus sp.", "1971216", "Bacteria", "Bacteria", "43.5", "0.0148", "", "NR", "MBC7662165.1", "1971216", "g73169", "i0", "87", "0.310810810810811", "23", "3", "31.1", "0", "217", "149", "354", "376", "MBC7662165.1 hypothetical protein [Oligoflexus sp.]", "diamond", "69", "43.5", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Oligoflexia", "Oligoflexales", "Oligoflexaceae", "Oligoflexus", "Oligoflexus sp."], [32496263, "PRJNA605033_P_NODE_118419_length_222_cov_1.614973_g116850_i0", "PRJNA605033", "118419", "222", "1.614973", "3.58524006", "Peredibacter", "263370", "Bacteria", "Bacteria", "53.9", "3.2e-6", "", "NR", "WP_321394210.1", "28202", "g116850", "i0", "100", "2.27027027027027", "24", "0", "32.4", "0", "220", "149", "391", "414", "WP_321394210.1 bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase [Peredibacter starrii]", "diamond", "504", "53.9", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Peredibacter", "Peredibacter starrii"], [32797935, "PRJNA605033_P_NODE_229700_length_155_cov_2.241667_g228131_i0", "PRJNA605033", "229700", "155", "2.241667", "3.47458385", "Pseudobdellovibrionaceae bacterium", "2026715", "Bacteria", "Bacteria", "77.4", "6.66e-15", "", "NR", "MBC7372092.1", "2026715", "g228131", "i0", "74.5", "1.9741935483871", "51", "13", "98.7", "0", "153", "1", "525", "575", "MBC7372092.1 S9 family peptidase [Pseudobdellovibrionaceae bacterium]", "diamond", "306", "77.4", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", null, "Pseudobdellovibrionaceae bacterium"]], "truncated": false, "filtered_table_rows_count": 23, "expanded_columns": [], "expandable_columns": [], "columns": ["rowid", "query", "bioproject", "node", "length", "coverage", "rel_abundance", "taxname_lca", "taxid_lca", "taxoncategory", "taxoncategorysimple", "bits", "evalue", "lowcoverage_flag", "analysis_used", "target", "taxid", "gene", "allele", "pident", "sumperc_cov", "alnlen", "mismatch", "qcov", "gapopen", "qstart", "qend", "tstart", "tend", "target_title", "analysis", "sumalnlen", "maxbits", "bits_percmax", "tax_superkingdom", "tax_clade", "tax_kingdom", "tax_phylum", "tax_class", "tax_order", "tax_family", "tax_genus", "tax_species"], "primary_keys": [], "units": {}, "query": {"sql": "select rowid, [query], bioproject, node, length, coverage, rel_abundance, taxname_lca, taxid_lca, taxoncategory, taxoncategorysimple, bits, evalue, lowcoverage_flag, analysis_used, target, taxid, gene, allele, pident, sumperc_cov, alnlen, mismatch, qcov, gapopen, qstart, qend, tstart, tend, target_title, analysis, sumalnlen, maxbits, bits_percmax, tax_superkingdom, tax_clade, tax_kingdom, tax_phylum, tax_class, tax_order, tax_family, tax_genus, tax_species from contig_metadata where \"bioproject\" = :p0 and \"tax_phylum\" = :p1 order by rowid limit 101", "params": {"p0": "PRJNA605033", "p1": "Bdellovibrionota"}}, "facet_results": {"bioproject": {"name": "bioproject", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota", "results": [{"value": "PRJNA605033", "label": "PRJNA605033", "count": 23, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?tax_phylum=Bdellovibrionota", "selected": true}], "truncated": false}, "analysis": {"name": "analysis", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota", "results": [{"value": "diamond", "label": "diamond", "count": 18, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota&analysis=diamond", "selected": false}, {"value": "blastn", "label": "blastn", "count": 5, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota&analysis=blastn", "selected": false}], "truncated": false}, "tax_superkingdom": {"name": "tax_superkingdom", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota", "results": [{"value": "Bacteria", "label": "Bacteria", "count": 23, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "selected": false}], "truncated": false}, "tax_clade": {"name": "tax_clade", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota", "results": [], "truncated": false}, "tax_kingdom": {"name": "tax_kingdom", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota", "results": [{"value": "Pseudomonadati", "label": "Pseudomonadati", "count": 23, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_kingdom=Pseudomonadati", "selected": false}], "truncated": false}, "tax_phylum": {"name": "tax_phylum", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033&tax_phylum=Bdellovibrionota", "results": [{"value": "Bdellovibrionota", "label": "Bdellovibrionota", "count": 23, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA605033", "selected": true}], "truncated": false}}, "suggested_facets": [], "next": null, "next_url": null, "private": false, "allow_execute_sql": true, "query_ms": 213.00403900022502}