{"database": "metadata", "table": "contig_metadata", "is_view": false, "human_description_en": "where bioproject = \"PRJNA312615\", tax_phylum = \"Bdellovibrionota\" and tax_superkingdom = \"Bacteria\"", "rows": [[378284, "PRJNA312615_P_NODE_36961_length_202_cov_1.333333_g36810_i0", "PRJNA312615", "36961", "202", "1.333333", "2.69333266", "Bacteriovorax stolpii", "960", "Bacteria", "Bacteria", "189", "1.28e-43", "", "NTclustered", "gi|1700689994|gb|CP030035.1|", "960", "g36810", "i0", "83.838", "7.1980198019802", "198", "32", "98", "0", "5", "202", "3573992", "3574189", "Bacteriovorax stolpii strain AC01 chromosome, complete genome", "blastn", "1454", "189", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax stolpii"], [4891945, "PRJNA312615_P_NODE_5084_length_534_cov_6.476289_g4937_i0", "PRJNA312615", "5084", "534", "6.476289", "34.58338326", "Bacteriovorax", "146784", "Bacteria", "Bacteria", "752", "0", "", "NTclustered", "gi|1700689994|gb|CP030035.1|", "960", "g4937", "i0", "92.135", "540.574906367041", "534", "40", "99", "2", "2", "534", "1662139", "1661607", "Bacteriovorax stolpii strain AC01 chromosome, complete genome", "blastn", "288667", "752", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax stolpii"], [10582223, "PRJNA312615_P_NODE_35869_length_205_cov_1.288462_g35718_i0", "PRJNA312615", "35869", "205", "1.288462", "2.6413471", "Bacteriovorax sp. HI3", "2984118", "Bacteria", "Bacteria", "148", "2.22e-31", "", "NTclustered", "gi|2321225508|dbj|AP026946.1|", "2984118", "g35718", "i0", "79.902", "2.41951219512195", "204", "39", "99", "2", "3", "205", "3704428", "3704630", "Bacteriovorax sp. HI3 DNA, complete genome", "blastn", "496", "148", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp. HI3"], [16955723, "PRJNA312615_P_NODE_38534_length_198_cov_1.020134_g38383_i0", "PRJNA312615", "38534", "198", "1.020134", "2.01986532", "Bacteriovorax", "146784", "Bacteria", "Bacteria", "114", "9.83e-28", "", "NR", "WP_102244582.1", "960", "g38383", "i0", "86.2", "1.96969696969697", "65", "9", "98.5", "0", "196", "2", "357", "421", "WP_102244582.1 sigma 54-interacting transcriptional regulator [Bacteriovorax stolpii]", "diamond", "390", "114", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax stolpii"], [23330290, "PRJNA312615_P_NODE_34559_length_208_cov_3.194969_g34408_i0", "PRJNA312615", "34559", "208", "3.194969", "6.64553552", "Bacteriovorax stolpii", "960", "Bacteria", "Bacteria", "224", "3.65e-54", "", "NTclustered", "gi|1700689994|gb|CP030035.1|", "960", "g34408", "i0", "86.256", "10.0240384615385", "211", "23", "99", "5", "2", "208", "164709", "164917", "Bacteriovorax stolpii strain AC01 chromosome, complete genome", "blastn", "2085", "224", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax stolpii"], [24604326, "PRJNA312615_P_NODE_36980_length_202_cov_1.267974_g36829_i0", "PRJNA312615", "36980", "202", "1.267974", "2.56130748", "Bacteriovorax sp. HI3", "2984118", "Bacteria", "Bacteria", "169", "1.67e-37", "", "NTclustered", "gi|2321225508|dbj|AP026946.1|", "2984118", "g36829", "i0", "82", "4.25742574257426", "200", "34", "99", "2", "4", "202", "3699101", "3698903", "Bacteriovorax sp. HI3 DNA, complete genome", "blastn", "860", "169", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp. HI3"], [26884598, "PRJNA312615_P_NODE_59261_length_152_cov_2.019417_g59110_i0", "PRJNA312615", "59261", "152", "2.019417", "3.06951384", "Oligoflexia bacterium", "2599941", "Bacteria", "Bacteria", "62.4", "2.6200000000000003e-10", "", "NR", "MCM2323359.1", "2599941", "g59110", "i0", "56", "0.986842105263158", "50", "22", "98.7", "0", "3", "152", "25", "74", "MCM2323359.1 sigma-70 family RNA polymerase sigma factor [Oligoflexia bacterium]", "diamond", "150", "62.4", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Oligoflexia", null, null, null, "Oligoflexia bacterium"], [26916067, "PRJNA312615_P_NODE_8842_length_415_cov_1.672131_g8692_i0", "PRJNA312615", "8842", "415", "1.672131", "6.93934365", "Bacteriovorax sp.", "2608087", "Bacteria", "Bacteria", "95.5", "6.53e-23", "", "NR", "MBP9679997.1", "2608087", "g8692", "i0", "77.4", "1.35180722891566", "62", "14", "44.8", "0", "200", "15", "1", "62", "MBP9679997.1 hypothetical protein [Bacteriovorax sp.]", "diamond", "561", "95.5", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp."], [27200462, "PRJNA312615_P_NODE_39522_length_195_cov_1.397260_g39371_i0", "PRJNA312615", "39522", "195", "1.39726", "2.724657", "Bacteriovorax antarcticus", "3088717", "Bacteria", "Bacteria", "59.3", "8.01e-9", "", "NR", "WP_323576164.1", "3088717", "g39371", "i0", "65.9", "1.26153846153846", "41", "11", "63.1", "1", "195", "73", "141", "178", "WP_323576164.1 preQ(1) synthase [Bacteriovorax antarcticus]", "diamond", "246", "59.3", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax antarcticus"], [27344915, "PRJNA312615_P_NODE_41063_length_191_cov_1.436620_g40912_i0", "PRJNA312615", "41063", "191", "1.43662", "2.7439442", "Bacteriovoracales", "2024979", "Bacteria", "Bacteria", "68.9", "9.58e-14", "", "NR", "WP_127718324.1", "2234000", "g40912", "i0", "75.6", "2.76439790575916", "45", "11", "70.7", "0", "189", "55", "16", "60", "WP_127718324.1 50S ribosomal protein L30 [Halobacteriovorax sp. HLS]", "diamond", "528", "68.9", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Halobacteriovoraceae", "Halobacteriovorax", "Halobacteriovorax sp. HLS"], [27485076, "PRJNA312615_P_NODE_12983_length_343_cov_1.037415_g12833_i0", "PRJNA312615", "12983", "343", "1.037415", "3.55833345", "Bacteriovoracia bacterium", "3058048", "Bacteria", "Bacteria", "52.4", "4.94e-5", "", "NR", "MFP5384782.1", "3058048", "g12833", "i0", "40.9", "0.577259475218659", "66", "37", "57.7", "1", "341", "144", "550", "613", "MFP5384782.1 ATP-binding cassette domain-containing protein [Bacteriovoracia bacterium]", "diamond", "198", "52.4", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", null, null, null, "Bacteriovoracia bacterium"], [27786970, "PRJNA312615_P_NODE_32864_length_213_cov_2.487805_g32713_i0", "PRJNA312615", "32864", "213", "2.487805", "5.29902465", "Bdellovibrio", "958", "Bacteria", "Bacteria", "91.3", "1.06e-19", "", "NR", "MBC7420993.1", "28201", "g32713", "i0", "78.6", "5.49295774647887", "56", "12", "78.9", "0", "213", "46", "324", "379", "MBC7420993.1 cystathionine gamma-synthase [Bdellovibrio sp.]", "diamond", "1170", "91.3", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Bdellovibrio", "Bdellovibrio sp."], [27927113, "PRJNA312615_P_NODE_50085_length_169_cov_0.866667_g49934_i0", "PRJNA312615", "50085", "169", "0.866667", "1.46466723", "uncultured Bdellovibrio sp.", "239744", "Bacteria", "Bacteria", "42", "0.0268", "", "NR", "WP_295904427.1", "239744", "g49934", "i0", "45.5", "0.781065088757396", "44", "24", "78.1", "0", "26", "157", "707", "750", "WP_295904427.1 Calx-beta domain-containing protein [uncultured Bdellovibrio sp.]", "diamond", "132", "42", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", "Pseudobdellovibrionaceae", "Bdellovibrio", "uncultured Bdellovibrio sp."], [29239276, "PRJNA312615_P_NODE_52669_length_166_cov_0.888889_g52518_i0", "PRJNA312615", "52669", "166", "0.888889", "1.47555574", "Pseudomonadati", "3379134", "Bacteria", "Bacteria", "88.6", "8.53e-19", "", "NR", "OFZ22860.1", "1797386", "g52518", "i0", "74.1", "5.78313253012048", "54", "14", "97.6", "0", "3", "164", "79", "132", "OFZ22860.1 MAG: hypothetical protein A2X94_17550 [Bdellovibrionales bacterium GWB1_55_8]", "diamond", "960", "88.6", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", null, null, "Bdellovibrionales bacterium GWB1_55_8"], [29252963, "PRJNA312615_P_NODE_41869_length_189_cov_1.457143_g41718_i0", "PRJNA312615", "41869", "189", "1.457143", "2.75400027", "Bacteriovorax sp.", "2608087", "Bacteria", "Bacteria", "67.8", "5.35e-13", "", "NR", "MBC7538171.1", "2608087", "g41718", "i0", "72.4", "1.82539682539683", "58", "13", "92.1", "1", "15", "188", "26", "80", "MBC7538171.1 hypothetical protein [Bacteriovorax sp.]", "diamond", "345", "67.8", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp."], [29252964, "PRJNA312615_P_NODE_47189_length_176_cov_1.204724_g47038_i0", "PRJNA312615", "47189", "176", "1.204724", "2.12031424", "Bdellovibrionales bacterium", "2053517", "Bacteria", "Bacteria", "60.5", "3.05e-9", "", "NR", "MBX9767865.1", "2053517", "g47038", "i0", "44.8", "0.988636363636364", "58", "32", "98.9", "0", "174", "1", "55", "112", "MBX9767865.1 hypothetical protein [Bdellovibrionales bacterium]", "diamond", "174", "60.5", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", null, null, "Bdellovibrionales bacterium"], [29979471, "PRJNA312615_P_NODE_50671_length_168_cov_0.873950_g50520_i0", "PRJNA312615", "50671", "168", "0.87395", "1.468236", "Bacteriovoracaceae bacterium", "2081706", "Bacteria", "Bacteria", "49.3", "6.52e-5", "", "NR", "MBL7665006.1", "2081706", "g50520", "i0", "50", "0.928571428571429", "52", "25", "91.1", "1", "5", "157", "1126", "1177", "MBL7665006.1 AAA family ATPase [Bacteriovoracaceae bacterium]", "diamond", "156", "49.3", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", null, "Bacteriovoracaceae bacterium"], [30218137, "PRJNA312615_P_NODE_20092_length_272_cov_1.143498_g19941_i0", "PRJNA312615", "20092", "272", "1.143498", "3.11031456", "Bacteriovorax", "146784", "Bacteria", "Bacteria", "112", "1.14e-28", "", "NR", "WP_102245262.1", "960", "g19941", "i0", "86.6", "1.47794117647059", "67", "9", "73.9", "0", "4", "204", "134", "200", "WP_102245262.1 30S ribosomal protein S5 [Bacteriovorax stolpii]", "diamond", "402", "113", "0.991150442477876", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax stolpii"], [30642813, "PRJNA312615_P_NODE_15313_length_314_cov_1.913208_g15162_i0", "PRJNA312615", "15313", "314", "1.913208", "6.00747312", "Bacteriovorax stolpii", "960", "Bacteria", "Bacteria", "124", "2.24e-34", "", "NR", "WP_102245269.1", "960", "g15162", "i0", "86.1", "0.687898089171974", "72", "10", "68.8", "0", "98", "313", "1", "72", "WP_102245269.1 50S ribosomal protein L14 [Bacteriovorax stolpii]", "diamond", "216", "124", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax stolpii"], [30706054, "PRJNA312615_P_NODE_49194_length_170_cov_2.504132_g49043_i0", "PRJNA312615", "49194", "170", "2.504132", "4.2570244", "Bdellovibrionales bacterium", "2053517", "Bacteria", "Bacteria", "87.8", "1.21e-18", "", "NR", "MBX3020441.1", "2053517", "g49043", "i0", "62.5", "0.988235294117647", "56", "21", "98.8", "0", "1", "168", "240", "295", "MBX3020441.1 radical SAM family heme chaperone HemW [Bdellovibrionales bacterium]", "diamond", "168", "87.8", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bdellovibrionia", "Bdellovibrionales", null, null, "Bdellovibrionales bacterium"], [31686019, "PRJNA312615_P_NODE_45437_length_180_cov_2.320611_g45286_i0", "PRJNA312615", "45437", "180", "2.320611", "4.1770998", "Bacteriovorax sp.", "2608087", "Bacteria", "Bacteria", "113", "3.3e-31", "", "NR", "MBP9681000.1", "2608087", "g45286", "i0", "92.9", "0.933333333333333", "56", "4", "93.3", "0", "4", "171", "13", "68", "MBP9681000.1 50S ribosomal protein L31 [Bacteriovorax sp.]", "diamond", "168", "113", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp."], [31907544, "PRJNA312615_P_NODE_19097_length_279_cov_1.326087_g18946_i0", "PRJNA312615", "19097", "279", "1.326087", "3.69978273", "Bacteriovorax sp.", "2608087", "Bacteria", "Bacteria", "169", "9.829999999999998e-47", "", "NR", "MBC7540310.1", "2608087", "g18946", "i0", "81.1", "0.967741935483871", "90", "17", "96.8", "0", "3", "272", "573", "662", "MBC7540310.1 outer membrane protein assembly factor BamA [Bacteriovorax sp.]", "diamond", "270", "169", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", "Bacteriovorax", "Bacteriovorax sp."], [32065677, "PRJNA312615_P_NODE_24718_length_246_cov_1.035533_g24567_i0", "PRJNA312615", "24718", "246", "1.035533", "2.54741118", "Bacteriovoracaceae bacterium", "2081706", "Bacteria", "Bacteria", "119", "3.13e-29", "", "NR", "MCK6594758.1", "2081706", "g24567", "i0", "65.9", "2", "82", "28", "100", "0", "246", "1", "142", "223", "MCK6594758.1 elongation factor G [Bacteriovoracaceae bacterium]", "diamond", "492", "119", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", "Bacteriovoracia", "Bacteriovoracales", "Bacteriovoracaceae", null, "Bacteriovoracaceae bacterium"], [32097374, "PRJNA312615_P_NODE_58078_length_162_cov_0.902655_g57927_i0", "PRJNA312615", "58078", "162", "0.902655", "1.4623011", "Bdellovibrionota bacterium", "3034175", "Bacteria", "Bacteria", "70.5", "1.98e-12", "", "NR", "HEY8278636.1", "3034175", "g57927", "i0", "79.2", "0.981481481481482", "53", "11", "98.1", "0", "3", "161", "420", "472", "HEY8278636.1 NFACT RNA binding domain-containing protein [Bdellovibrionota bacterium]", "diamond", "159", "70.5", "1", "Bacteria", null, "Pseudomonadati", "Bdellovibrionota", null, null, null, null, "Bdellovibrionota bacterium"]], "truncated": false, "filtered_table_rows_count": 24, "expanded_columns": [], "expandable_columns": [], "columns": ["rowid", "query", "bioproject", "node", "length", "coverage", "rel_abundance", "taxname_lca", "taxid_lca", "taxoncategory", "taxoncategorysimple", "bits", "evalue", "lowcoverage_flag", "analysis_used", "target", "taxid", "gene", "allele", "pident", "sumperc_cov", "alnlen", "mismatch", "qcov", "gapopen", "qstart", "qend", "tstart", "tend", "target_title", "analysis", "sumalnlen", "maxbits", "bits_percmax", "tax_superkingdom", "tax_clade", "tax_kingdom", "tax_phylum", "tax_class", "tax_order", "tax_family", "tax_genus", "tax_species"], "primary_keys": [], "units": {}, "query": {"sql": "select rowid, [query], bioproject, node, length, coverage, rel_abundance, taxname_lca, taxid_lca, taxoncategory, taxoncategorysimple, bits, evalue, lowcoverage_flag, analysis_used, target, taxid, gene, allele, pident, sumperc_cov, alnlen, mismatch, qcov, gapopen, qstart, qend, tstart, tend, target_title, analysis, sumalnlen, maxbits, bits_percmax, tax_superkingdom, tax_clade, tax_kingdom, tax_phylum, tax_class, tax_order, tax_family, tax_genus, tax_species from contig_metadata where \"bioproject\" = :p0 and \"tax_phylum\" = :p1 and \"tax_superkingdom\" = :p2 order by rowid limit 101", "params": {"p0": "PRJNA312615", "p1": "Bdellovibrionota", "p2": "Bacteria"}}, "facet_results": {"bioproject": {"name": "bioproject", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "results": [{"value": "PRJNA312615", "label": "PRJNA312615", "count": 24, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "selected": true}], "truncated": false}, "analysis": {"name": "analysis", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "results": [{"value": "diamond", "label": "diamond", "count": 19, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria&analysis=diamond", "selected": false}, {"value": "blastn", "label": "blastn", "count": 5, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria&analysis=blastn", "selected": false}], "truncated": false}, "tax_superkingdom": {"name": "tax_superkingdom", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "results": [{"value": "Bacteria", "label": "Bacteria", "count": 24, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota", "selected": true}], "truncated": false}, "tax_clade": {"name": "tax_clade", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "results": [], "truncated": false}, "tax_kingdom": {"name": "tax_kingdom", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "results": [{"value": "Pseudomonadati", "label": "Pseudomonadati", "count": 24, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria&tax_kingdom=Pseudomonadati", "selected": false}], "truncated": false}, "tax_phylum": {"name": "tax_phylum", "type": "column", "hideable": false, "toggle_url": "/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_phylum=Bdellovibrionota&tax_superkingdom=Bacteria", "results": [{"value": "Bdellovibrionota", "label": "Bdellovibrionota", "count": 24, "toggle_url": "http://metadata.rnaquarium.org/metadata/contig_metadata.json?bioproject=PRJNA312615&tax_superkingdom=Bacteria", "selected": true}], "truncated": false}}, "suggested_facets": [], "next": null, "next_url": null, "private": false, "allow_execute_sql": true, "query_ms": 486.1923270000261}